José Machado é membro do Quadro Editorial de Economia Empírica e do Revista de Economia Portuguesa, tendo publicado a sua investigação científica numa série de revistas de topo na sua área, particularmente: Journal of the American Statistical Society; Journal of Econometrics; Journal of Applied Econometrics; Econometric Theory; European Economic Review; Empirical Economics; Economic Letters and Oxford Bulletin of Economics and Statistics. A sua obra de maior influência é ""? Counterfactual Decomposition of Changes in Wage Distributions using Quantile Regression""?; (em conjunto com José Mata), publicado no Journal of Applied Econometrics 20, 2005.
Ensinou Econometria, Estatística e Macroeconomia.
Foi consultor do Banco de Portugal entre 1992 e 2015.
José Machado foi Vice-Reitor da Universidade Nova de Lisboa e foi Diretor da Nova School of Business and Economics, de 2005 a 2015 e da Angola Business School (Luanda-Angola) de 2010 a 2015.